Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

In-silico-Studie zur selektiven Hemmung bakterieller Peptid-Deformylasen durch verschiedene Medikamente

Abdelouahab Chikhi und Abderrahmane Bensegueni

Um der zunehmenden Resistenz von Krankheitserregern entgegenzuwirken, werden unverzüglich neue Antibiotikaklassen benötigt. Das Metalloenzym Peptiddeformylase (PDF) ist eines der vielversprechendsten bakteriellen Ziele bei der Suche nach neuen Wirkmechanismen von Antibiotika und wurde zunächst als spezifisches bakterielles Ziel ausgewählt. Peptidanaloga wurden als Inhibitoren entwickelt, die ein Hydroxamat oder Formylhydroxylamin als Metall-wechselwirkende Gruppe enthalten, und als Inhibitoren mit In-vitro-Aktivität gegen ein breites Spektrum von Organismen und erfolgreicher antibakterieller Aktivität in vivo eingesetzt, die mit guten pharmakokinetischen Eigenschaften und ausgezeichneter Verträglichkeit bei verschiedenen Spezies harmoniert, aber kürzlich wurde ein menschliches Homolog entdeckt. Eine neue Strategie zur Auswahl hochwirksamer Verbindungen mit geringer Hemmwirkung gegen menschliches PDF wurde entwickelt. Eine originelle Klasse kleiner, nicht-peptidischer Inhibitoren der Peptiddeformylase (PDF) als potente Antibiotika wie die Indol-Gruppe und ihre Derivate mit derselben Wirkungsweise in vivo wie zuvor identifizierte PDF-Inhibitoren, jedoch ohne die apoptotischen Effekte dieser Inhibitoren in menschlichen Zellen, wurde entdeckt. Diese Studie hat die selektive Wirkung dieser Verbindungen auf bakterielle PDFs durch die Dockingmethode unter Verwendung des Autodock-Programms bestätigt. Tatsächlich wurde eine gute Korrelation zwischen IC50- und DeltaG-Werten verschiedener PDF-Inhibitor-Komplexe beobachtet. Die Bewertung der verschiedenen molekularen Eigenschaften dieser Inhibitoren lässt uns zu dem Schluss kommen, dass alle diese Verbindungen höchstwahrscheinlich medikamentös behandelbar sind.