Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Integrierte bioinformatische Analyse der öffentlich verfügbaren Proteindaten liefert Belege für 96 % des menschlichen Proteoms

Suresh Mathivanan

Proteinkodierende Gene werden durch Genomannotation-Pipelines vorhergesagt und konzeptionell in Proteinsequenzen übersetzt. Mehrere Tausend dieser proteinkodierenden Gene, die in öffentlich zugänglichen Datenbanken katalogisiert sind, haben selten Belege auf Proteinebene. In dieser Studie haben wir eine Karte des menschlichen Proteoms erstellt, indem wir öffentlich verfügbare proteomische Studien und Ressourcen integriert haben. Mit den enthaltenen Daten sind wir in der Lage, 96 % des menschlichen Proteoms mit reichlich experimentellen Belegen für die Proteinexpression abzubilden. Über 2,2 Millionen Annotationen sind für 19.716 Proteine ​​aus 63.239 unabhängigen Studien aufgezeichnet, bei denen mehr als 800 Gewebe-/Zelltypen/Körperflüssigkeiten verwendet wurden. Unter dem abgebildeten menschlichen Proteom werden 96 % der Proteinexpression durch zwei oder mehr unabhängige Studien oder experimentelle Methoden unterstützt. Die gesammelten Daten (Lokalisierung, Gewebeexpression, posttranslationale Modifikationen, Protein-Protein-Interaktionen, Enzym-Substrat und 3D-Strukturen) sind über das webbasierte Kompendium Human Proteome Browser (http://www.humanproteomebrowser.info) kostenlos zugänglich.