Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik

Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

ISSN: 0974-276X

Abstrakt

LC/MS-basiertes Monitoring endogener Zerfallsmarker zur Qualitätsbewertung von Serumproben

Jörg Oliver Thumfart, Nada Abidi, Sonani Mindt, Victor Costina, Ralf Hofheinz, Frank Klawonn, Michael Neumaier und Peter Findeisen

Einleitung: Präanalytische Variationen haben erhebliche Auswirkungen auf die meisten biologischen Tests. Insbesondere MS-basierte multiparametrische Proteomikanalysen von Blutproben werden durch die eingeschränkte Proteinstabilität aufgrund der hohen intrinsischen proteolytischen Aktivität von Serum und Plasma stark beeinträchtigt. Die direkte Analyse der Probenqualität (DASQ) für Serumproben ist jedoch nicht ohne weiteres verfügbar. Hier schlagen wir die massenspektrometrische Überwachung von Peptidmustern vor, die sich ex vivo zeitabhängig verändern, um diese Einschränkungen zu mildern.

Materialien und Methoden: Serumproben von gesunden Kontrollpersonen (n=3) und Patienten mit kolorektalem Krebs wurden auf eine Reihe endogener Peptide (n=62) untersucht. Die jeweiligen proteolytischen Fragmente wurden mit LC/MS zu verschiedenen präanalytischen Zeitpunkten zwischen 1 h und 48 h nach der Blutentnahme überwacht. Ein Algorithmus wurde mit einem Trainingsset von Serumproben von Patienten mit kolorektalem Krebs (n=30) erstellt. Ein unabhängiger Testsatz von Patienten (n=20) wurde zur weiteren Validierung verwendet.

Ergebnisse: Der Determinationskoeffizient (R2) für die lineare Regression der tatsächlichen und geschätzten Zeitpunkte betrug 0,89. Allerdings war die Klassifizierungsgenauigkeit für Proben mit einem präanalytischen Zeitraum unter 8 Stunden höher als für ältere Proben (> 8 Stunden).

Schlussfolgerung: Endogene Peptide werden in Blutproben zeitabhängig verarbeitet. Diese „proteomische Abbauuhr“ kann verwendet werden, um die präanalytische Qualität von Serumproben abzuschätzen. Dies ist insbesondere vor eingehenden proteomischen Profilierungsansätzen oder anderen aufwändigen Analysen in Forschungs- oder Diagnoseanwendungen relevant. Dementsprechend können Proben mit geringer Qualität identifiziert und anschließend von weiteren Analysen ausgeschlossen werden, um unerwünschte präanalytische Verzerrungen zu vermeiden.

 

Haftungsausschluss: Diese Zusammenfassung wurde mithilfe von Tools der künstlichen Intelligenz übersetzt und wurde noch nicht überprüft oder verifiziert.
Top