Fortgeschrittene Techniken in Biologie und Medizin
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Abstrakt

Metagenomische Analyse des molekularen Profils von Brustkrebs mit Genie, einem literaturbasierten Tool zur Genpriorisierung: Ein neuartiger Ansatz

Amit Kumar Yadav und Vidya Jha

Hintergrund: Die biologische Komplexität und Heterogenität von Brustkrebs kann durch das molekulare Profil erklärt werden. Die Mikroarray-Technik ist die Methode der Wahl, um ihn zu untersuchen. Es gibt jedoch bestimmte Einschränkungen. Computergestützte Techniken sind eine neuartige Methode zur Untersuchung des Genexpressionsprofils.

Materialien und Methode: Genie, eine frei verfügbare webbasierte Software, wurde zur Analyse von Literatur, Gen- und Homologieinformationen aus den Datenbanken MEDLINE, NCBI Gene und HomoloGene verwendet. Als Eingaben wurden Zielspezies (Homo sapiens) und biomedizinisches Thema (Brustkrebs) verwendet. Entsprechend der bereitgestellten Eingaben wurden Gene der Zielspezies priorisiert.

Ergebnisse: Die Rangfolge der 1906 gemeldeten Gene entsprach nicht den Erwartungen. Daher wurden sie manuell nach der Anzahl der Treffer neu geordnet. Diese wurden auf 70 eingegrenzt. Die von diesen Genen kodierten Proteine ​​und ihre Funktionen wurden aus der NCBI-Datenbank bezogen. Auf der Grundlage ihrer Funktion und Rolle bei der Karzinogenese wurden diese Gene dann in unterschiedliche Kategorien gruppiert.

Schlussfolgerung: Es wurde ein neuartiger computergestützter Ansatz zur Untersuchung des molekularen Profils von Brustkrebs demonstriert. Ein Panel von 70 Genen zur Untersuchung des Genexpressionsprofils von Brustkrebs wurde vorgeschlagen. Diese Gene bewerten umfassend alle Aspekte der molekularen Pathogenese von Brustkrebs und werden für zukünftige klinische Studien empfohlen.