Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik

Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

ISSN: 0974-276X

Abstrakt

MLVA_Normalizer: Workflow zur Normalisierung von MLVA-Profilen und zum Datenaustausch zwischen Laboren

Paul Bachelerie, Arnaud Felten, Marie-Leone Vignaud, Benjamin Glasset, Carole Feurer, Renaud Lailler und Sabrina Cadel Six

Motivation: MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) ist eine Typisierungsmethode, die heute zur Charakterisierung mehrerer wichtiger Krankheitserreger wie Brucella, Mycobacterium tuberculosis oder Salmonella verwendet wird. Sie nutzt den Vergleich der Größe spezifischer genomischer Loci, die aus Tandem-Wiederholungssequenzen bestehen. Leider ist die grobe Größenschätzung instrumentenabhängig und daher können die erzielten Ergebnisse nicht ohne Normalisierung zwischen Laboren verglichen werden, die an der Krankheitsüberwachung, Überwachung und offiziellen Kontrollen beteiligt sind.

Ergebnisse: Um dieses Problem zu lösen, haben wir ein Workflow-Tool namens MLVA_normalizer entwickelt, das zur Normalisierung von MLVA-Ergebnissen konzipiert ist. Dieses Normalisierungs-Workflow-Tool ist für die Anwendung auf alle Bakteriengattungen konzipiert und ist nicht vom verwendeten MLVA-Protokoll abhängig.

Verfügbarkeit: MLVA_normalizer ist unter der GNU General Public License (Version 2, Juni 1991) verfügbar. Der Quellcode ist verfügbar unter: https://github.com/afelten-Anses/MLVA_normalizer.

Haftungsausschluss: Diese Zusammenfassung wurde mithilfe von Tools der künstlichen Intelligenz übersetzt und wurde noch nicht überprüft oder verifiziert.
Top