Zeitschrift für Physikalische Chemie und Biophysik
Offener Zugang
ISSN: 2161-0398
ISSN: 2161-0398
Sachin Patodia, Ashima Bagaria und Deepak Chopra
Die MD-Simulation ist zu einem unverzichtbaren Instrument zum Verständnis der physikalischen Grundlagen der Struktur von Proteinen und ihrer biologischen Funktionen geworden. Im letzten Jahrzehnt haben wir bedeutende Fortschritte bei der MD-Simulation von Proteinen erlebt, mit Fortschritten bei atomistischen Simulationsalgorithmen, Kraftfeldern, Rechenmethoden und -einrichtungen, umfassender Analyse und experimenteller Validierung sowie Integration in weitreichende bioinformatische und strukturelle/systembiologische Rahmen. In dieser Übersicht präsentieren wir die Methodik der Proteinsimulation und die jüngsten Fortschritte auf diesem Gebiet. Die MD-Simulation bietet eine Plattform zum Studium von Protein-Protein-, Protein-Ligand- und Protein-Nukleinsäure-Interaktionen. Die MD-Simulation wird auch mit der NMR-Relaxationszeitskala durchgeführt, um die verbleibende dipolare Kopplung und den Ordnungsparameter von Proteinmolekülen zu erhalten.