Immunomforschung
Offener Zugang

Abstrakt

Navigieren in diabetesbezogenen Immunepitopdaten: Ressourcen und Werkzeuge bereitgestellt durch die Immune Epitope Database (IEDB)

Kerrie Vaughan, Bjoern Peters, Roberto Mallone, Matthias von Herrath, Bart O. Roep und Alessandro Sette

Hintergrund:
Die Immune Epitope Database (IEDB), die sich ursprünglich auf Infektionskrankheiten konzentrierte, wurde kürzlich auf Allergien, Transplantationen und Autoimmunerkrankungen erweitert. Hier konzentrieren wir uns auf Diabetes, der als Prototyp einer Autoimmunerkrankung ausgewählt wurde. Wir verwenden ein kombiniertes Tutorial- und Metaanalyseformat, das zeigt, wie häufige Fragen zu Diabetes-Epitopen beantwortet werden können.
Ergebnisse:
In der IEDB sind insgesamt 409 Referenzen erfasst, die >2.500 Epitope von mit Diabetes assoziierten Antigenen beschreiben. Die überwiegende Mehrheit der Daten stammte von GAD, Insulin, IA-2/PTPRN, IGRP, ZnT8, HSP und ICA-1, und die Experimente zu T-Zell-Epitopen und MHC-Bindung übertreffen die B-Zell-Assays bei weitem. Wir zeigen, wie man nach bestimmten Antigenen, Epitopen oder Wirten sucht. Weitere Beispiele sind die Suche nach Tetrameren oder Epitopen, die durch bestimmte Allele oder Assays von Interesse eingeschränkt sind, oder die Suche basierend auf dem klinischen Status des Wirts.
Schlussfolgerungen:
Das Verzeichnis aller veröffentlichten Diabetes-Epitopdaten erleichtert der wissenschaftlichen Gemeinschaft den Zugriff darauf. Während die globale Sammlung von Primärdaten aus der Literatur potenzielle in der Literatur vorhandene Untersuchungsverzerrungen widerspiegelt, ermöglicht der flexible Suchansatz den Benutzern, auf ihre Präferenzen zugeschnittene Abfragen durchzuführen und Daten je nach Bedarf ein- oder auszuschließen. Darüber hinaus zeigt die Analyse Wissenslücken auf und identifiziert Bereiche für zukünftige Untersuchungen.