Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Optimierung des SDS-PAGE-Gel-Slicing-Verfahrens zur Identifizierung humaner Lebermikrosomenproteine ​​mittels MALDI-TOF-Massenspektrometrie

Natalia A. Petushkova, Olesya V. Larina, Aleksey L. Chernobrovkin, Oksana P. Trifonova, Yulia S. Kisrieva, Andrey V. Lisitsa, Irina I. Karuzina, Irina I. Karuzina und Alexander I. Archakov

In der Proteomik wird die SDS-PAGE-Gelspur häufig sequentiell in Scheiben geschnitten und die Proteine ​​anschließend durch Peptide Mass Fingerprinting (PMF) identifiziert. In dieser Arbeit wurde der Einfluss der Scheibendicke auf die Proteinidentifizierung untersucht. Nach der Trennung der mikrosomalen Fraktion der menschlichen Leber wurde der Bereich von 37 bis 75 kDa der Gelspur in 20 oder 40 Scheiben von 0,5 mm bzw. 0,25 mm Dicke geschnitten. Die Identifizierung der Proteine ​​nach der Trypsinolyse wurde mittels MALDI-TOF-Massenspektrometrie durchgeführt. Eine Verdoppelung der Scheibendicke hatte keinen Einfluss auf die Anzahl der Peaks in den PMF-Spektren. Es wurde festgestellt, dass bei einer Toleranz von 0,15 Da die Anzahl der identifizierten Proteine ​​in der Serie von 40 Scheiben die Anzahl der Identifizierungen in der Serie von 20 Scheiben um mehr als das Doppelte überstieg. Es zeigte sich, dass die Verringerung der Scheibendicke zu einer erheblichen Steigerung der Intensität des Peptid-Peaks und auch zu Änderungen der PMF-Spektren führt, was den Gewinn zusätzlicher Peptide zur Bereicherung der Sequenz-Abdeckung zur Folge hat.