Chemotherapie: Offener Zugang
Offener Zugang

Abstrakt

Pan-Krebs-Analyse identifizierte SEC11A als immunologischen und prognostischen Biomarker

Qingqing Wu, Chengdong Liu, Guangzhao Huang, Xinyan Lu, Xiaozhi Lv, Tingru Shao

Ziel: Begrenzte Beweise deuten darauf hin, dass SEC11A eine wichtige Rolle bei der Karzinogenese spielt. Unsere Studie umfasst eine integrierte Analyse der molekularen Merkmale und der klinischen Relevanz von SEC11A bei allen Krebsarten auf der Grundlage von Multi-Omics-Daten.

Materialien und Methoden: Der SEC11A-Ausdruck wurde in 33 Tumorarten und normalen Proben analysiert, wobei Transkriptomprofile aus dem Projekt The Cancer Genome Atlas-Genotype-Tissue Expression (TCGA-GTEx) und protromische Daten aus dem Projekt Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC) Verwendet wurden. Kopienzahlveränderungen und Methylierung von SEC11A wurden mit cBioPortal bei allen Krebsarten untersucht. Die klinische Relevanz und die prognostischen Auswirkungen von SEC11A wurden in den Kohorten des Cancer Genome Atlas (TCGA) ausgewertet. Die Gensatzanreicherungsanalyse (GSEA) von SEC11A wurde beim Plattenepithelkarzinomen des Kopfes und Halses (HNSCC) mit einem Cluster-Profiler-Paket durchgeführt. Die Korrelation von SEC11A mit Immunzellinfiltrationen wurde mit den Algorithmen Estimating the Proportions of Immune and Cancer Cells (EPIC), Tumor Immune Estimation Resource (TIMER), xCELL, Microenvironment Cell Populations-Counter (MCP-Counter), quanTIseq, Cell type Identification by Estimating Relative Teilmengen von RNA-Transkripten (CIBERSORT) und Immune Cell Abundance Identifier (ImmuCellAI) geschätzt. Die Werte der Inhibitorkonzentration (IC ₅₀ ) von Antikrebsmitteln wurden aus dem Projekt Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC) übernommen und ihre Korrelationen mit SEC11A berechnet.

Ergebnisse: Wir haben herausgefunden, dass die Expression von SEC11A bei den meisten Krebsarten (24/33) hochreguliert war, während sie bei 3 Krebsarten herunterreguliert war. Die genetische Amplifikation von SEC11A war bei allen Krebsarten weit verbreitet. Es gab negative Korrelationen zwischen der Expression von SEC11A-Ribonukleinsäure (RNA) und dem Methylierungsgrad. Die Hochregulierung von SEC11A deutete auf eine ungünstige Prognose bei Nebennierenrindenkarzinom und HNSCC hin. Darüber hinaus war SEC11A eng am Zellzyklus, der TP53-Regulierung und der Antigenverarbeitung beteiligt. SEC11A war positiv mit tumorassoziierten Makrophagen und Fibroblasten assoziiert, aber negativ mit CD8 ⁺ -T-Zellen. Die Expression von SEC11A korrelierte positiv mit der Arzneimittelresistenz gegen Krebsmedikamente.

Schlussfolgerung: Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass SEC11A als prognostischer Biomarker für alle Krebsarten fungieren könnte. Die Hochregulierung von SEC11A steht im Zusammenhang mit dem immunsuppressiven Status des Tumors. Zusammengefasst bieten unsere Ergebnisse eine wertvolle Ressource, die als Leitfaden für die mechanistische und therapeutische Analyse von SEC11A bei verschiedenen Krebsarten dienen könnte.