Immunomforschung
Offener Zugang

Abstrakt

Die Peptidlänge beeinflusst die In-vitro-Affinität zu MHC-Klasse-II-Molekülen erheblich

Cathal O'Brien, Darren R Flower

Hintergrund: Moleküle des Haupthistokompatibilitätskomplexes (MHC) der Klasse II haben eine offene Bindungsrille, die Peptide unterschiedlicher Länge aufnehmen kann. Mehrere Studien haben gezeigt, dass Peptide flankierende Reste (PFRs), die außerhalb der Kernbindungsrille liegen, die Peptidbindung und T-Zell-Erkennung beeinflussen können. Mithilfe von Daten aus der AntiJen-Datenbank konnten wir den Einfluss von PFRs auf die Peptidaffinität für MHC-Klasse-II-Moleküle systematisch charakterisieren. Ergebnisse: Durch die Analyse von 1279 Peptidverlängerungsereignissen, die 19 verschiedene HLA-Allele abdecken, wurde beobachtet, dass die Peptidverlängerung im Allgemeinen zu einer erhöhten Affinität für MHC-Klasse-II-Moleküle führte. Es war auch möglich, eine optimale Peptidlänge für die MHC-Klasse-II-Affinität von etwa 18–20 Aminosäuren zu bestimmen; eine Verlängerung von Peptiden über diese Länge hinaus hatte keinen oder negativen Effekt auf die Affinität. Schlussfolgerung: Die beobachtete Beziehung zwischen Peptidlänge und MHC-Klasse-II-Affinität hat erhebliche Auswirkungen auf die Entwicklung von Impfstoffen und die Untersuchung der epitopischen Grundlage immunologischer Erkrankungen.