Zeitschrift für antivirale und antiretrovirale Medikamente
Offener Zugang

Abstrakt

Polymorphismen in HIV-1 Subtyp C Reverse Transkriptase- und Protease-Genen in einer Patientenkohorte aus Mumbai

Ritwik Dahake, Shraddha Mehta, Sneha Yadav, Abhay Chowdhary und Ranjana A Deshmukh

Ziele: Die Industrieländer sind beunruhigt über die Häufigkeit der primären/übertragenen Arzneimittelresistenz von HIV-1. Es gibt eine Debatte über die Gültigkeit bestimmter Polymorphismen in HIV-1-Subtyp-C-Mutationen im Zusammenhang mit Konsensus-Subtyp-B-Sequenzen, die mit primärer Resistenz assoziiert sind und manchmal fälschlicherweise als solche angesehen werden. In dieser vorläufigen Studie haben wir Polymorphismen in Reverse-Transkriptase- (RT) und Protease- (PR)-Genen von HIV-1-Subtyp C aus einer Patientenkohorte in Mumbai, Indien, bestimmt.

Methoden: Die Studie wurde mit Plasmaproben von 24 Patienten (sowohl Patienten mit antiretroviraler Therapie als auch solche, die noch keine Medikamente erhalten hatten) durchgeführt. Dabei wurde eine selbst entwickelte semi-nested Reverse-Transkriptase-PCR verwendet, gefolgt von Sequenzierung und Sequenzanalyse. Die Stanford HIV-Medikamentenresistenzdatenbank wurde zur Analyse und Interpretation von Polymorphismen und anderen Medikamentenresistenzmutationen verwendet. Wir analysierten auch Surveillance Drug Resistance Mutations (SDRMs) für das PR- Gen.

Ergebnisse: Polymorphismen wurden mit einer Mutationshäufigkeit von 0,1337 ± 0,042 im PR-Gen und 0,067 ± 0,014 im RT-Gen festgestellt, während 16,6 % bzw. 12,5 % der Proben Arzneimittelresistenzmutationen in den PR- bzw. RT-Genen aufwiesen. Substitutionen von mehr als 50 % fanden sich an den Positionen L19, V82, M36, R41, L63, H69, L89 und I93 für das PR-Gen und D121, K122, T165, K166, K173, D177, T200, Q207 und R211 für das RT-Gen. Zusätzlich wurden in 15,0 % der Proben SDRMs im PR-Gen beobachtet.

Schlussfolgerungen: Unsere Ergebnisse stimmen mit früheren Ergebnissen überein, dass Polymorphismen im HIV-1-Subtyp C aus Indien existieren, und bekräftigen, dass diese Polymorphismen auch eine Reihe von größeren und kleineren/akzessorischen Mutationen umfassen können, die mit Resistenzen in Zusammenhang stehen. Die meisten der online verfügbaren Arzneimittelresistenzdatenbanken basieren auf dem Subtyp B. Daher empfehlen wir, HIV-Subtyp-spezifische Arzneimittelresistenzdatenbanken zu erstellen, um eine routinemäßige und eindeutige Überwachung der Arzneimittelresistenz vor Beginn der antiretroviralen Therapie zu ermöglichen, insbesondere wenn Proteasehemmer einbezogen werden.