Zeitschrift für Arzneimittelstoffwechsel und Toxikologie
Offener Zugang

Abstrakt

Vorhersage antigener MHC-Peptidbinder und TAP-Binder des COX1-Proteins durch In-Silico- Ansatz

Mishra S und Gomase VS

In der vorliegenden Analyse wurde die Proteinsequenz der Cytochrom-c-Oxidase-Untereinheit I (CO1 oder MT-CO1) aus GWD verwendet, um das MHC-bindende antigene Peptid, die Vorhersage antigener Peptide durch verschiedene B-Zell-Vorhersagemethoden, die Zugänglichkeit von Proteinlösungsmitteln sowie polare und unpolare Rückstände zu untersuchen und die Regionen zu analysieren, die wahrscheinlich auf der Proteinoberfläche freiliegen. Aus dem Protein kann das Peptidfragment analysiert und ein spezifisches Nonamer für die rationale Impfstoffentwicklung ausgewählt werden. In dieser Untersuchung werden PSSM- und SVM-Algorithmen angewendet, um MHC-I- und MHC-II-bindende Peptide zu finden. Wir haben auch die hochaffinen TAP-bindenden Peptide des CO1-Proteins aus GWD vorhergesagt, das 205 Aminosäuren aufweist, die 197 Nonamere aufweisen. Auf Grundlage der erzielten Ergebnisse gehen wir davon aus, dass das antigene Peptid des Proteins der Cytochrom-C-Oxidase-Untereinheit I (Mitochondrium) möglicherweise eine wichtige Rolle spielt und aufgrund der Erkenntnis, dass mit einem einzigen Epitop eine Immunantwort in einer großen Population hervorgerufen werden kann, der am besten geeignete Kandidat für die Entwicklung eines Untereinheitenimpfstoffs sein könnte.