Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Vorhersage diskontinuierlicher B-Zell-Epitope mithilfe logistischer Regression und Strukturinformationen

Rong Liu und Jianjun Hu

Die computergestützte Vorhersage diskontinuierlicher B-Zell-Epitope bleibt eine Herausforderung, ist aber eine wichtige Aufgabe bei der Impfstoffentwicklung. In dieser Studie haben wir eine neuartige computergestützte Methode zur Vorhersage diskontinuierlicher Epitopreste entwickelt, indem wir das logistische Regressionsmodell mit zwei wichtigen Strukturmerkmalen, dem B-Faktor und der relativ zugänglichen Oberfläche (RASA), kombiniert haben. Wir haben eine fünffache Kreuzvalidierung an einem repräsentativen Datensatz durchgeführt, der aus an Antikörper gebundenen Antigenstrukturen bzw. unabhängigen Tests in der Epitome-Datenbank besteht. Versuchsergebnisse zeigen, dass neben dem bekannten RASA-Merkmal auch der B-Faktor zur Identifizierung diskontinuierlicher Epitope verwendet werden kann. Darüber hinaus ergänzen sich diese beiden Merkmale und ihre Kombination kann die Vorhersageleistung deutlich verbessern. Ein Vergleich mit bestehenden Ansätzen zeigt, dass unsere Methode hinsichtlich des durchschnittlichen AUC-Werts und der Sensitivität bei der Vorhersage diskontinuierlicher B-Zell-Epitope eine bessere Leistung erzielen kann.