Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Vorhersage von MHC-bindenden Peptiden und Epitopen aus dem Erdnussknospennekrosevirus (GBNV)

Gomase VS, Kale KV und Shyamkumar K

Eine Viruserkrankung führte während des Kharif-Festes im Jahr 2000 zu Ernteausfällen bei Erdnüssen in Andhra Pradesh. Als Auslöser wurde vermutlich das Erdnussknospennekrosevirus (GBNV) vermutet, ein Virus, das in Indien weit verbreitet ist. Es handelt sich um einen der wichtigsten Befälle, die den Erdnussanbau besonders im Sommer beeinträchtigen. Nukleokapsidpeptide des Erdnussknospennekrosevirus eignen sich am besten für die Entwicklung von Untereinheitenimpfstoffen, da mit einem einzigen Epitop eine Immunantwort in großen Populationen hervorgerufen werden kann. Analysen zeigen, dass MHC-Klasse-II-bindende Peptide des Hüllproteins von SMV wichtige Determinanten für den Schutz vieler Pflanzen vor Virusinfektionen sind. In diesem Test haben wir die Bindungsaffinität des SMV-Genompolyproteins mit 276 Aminosäuren vorhergesagt, das 268 Nonamere aufweist. Bei dieser Analyse fanden wir die auf SVM basierenden MHCII-IAb-Peptidregionen 171- PLAYYQNVK, 95- RTEAFIRTK, 90- DWTFKRTEA, 37- KAFYDANKT (optimale Punktzahl ist 1,059); MHCII-IAd-Peptidregionen 159- LSSMTGLAP, 68- KSGKYVFCG, 11- KIKELLAGG, 49- TFTNCLNIL (optimale Punktzahl ist 0,702); MHCIIIAg7-Peptidregionen 128- PLVAAYGLN, 127- LPLVAAYGL, 18- GGSADVEIE, 39- FYDANKTLE (optimale Punktzahl ist 1,551); und MHCII-RT1.B-Peptidregionen, 49-TFTNCLNIL, 247-DKAFSASLS, 110-KSKNDAAKQ, 92-TFKRTEAFI (optimale Punktzahl ist 1,092), die vorhergesagte Binder aus Nukleokapsidproteinen darstellten. Die Methode integriert die Vorhersage der Peptidbindung an MHC-Klasse I, die proteasomale C-terminale Spaltung und die TAP-Transporteffizienz des Nukleokapsidproteins von GBNV. Somit kann ein kleines Antigenfragment eine Immunantwort gegen das gesamte Antigen auslösen. Dieses Thema wird bei der Entwicklung von Untereinheiten- und synthetischen Peptidimpfstoffen umgesetzt.