Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Vorhersage von Protein-Liganden-Bindungsstellen für Cisplatin und Transplatin auf Basis von Wasserstoffbrücken

Flavio Almeida Curvelo dos Anjos und Manoel Victor Frutuoso Barrionuevo

Platinverbindungen sind für die Behandlung verschiedener bösartiger Tumore sehr wichtig. Allerdings ist es sehr schwierig, Platinbindungsstellen vorherzusagen. Dennoch spielt die Hydrolyse von an Platinverbindungen gebundenen Abgangsgruppen eine wichtige Rolle bei der Abgabe von Platin an ein Zielmolekül. Hier bietet eine In-silico-Studie ein Verständnis der molekularen Oberfläche der dreidimensionalen Struktur von Cisplatin und Transplatin und ihrer Bindungsstellen auf atomarer Ebene, um einige Einblicke in die Arzneimittelentwicklung zu bieten. Das Ziel dieser Arbeit war die Implementierung eines neuen Ansatzes basierend auf geometrischen und physikochemischen Parametern zur Ermittlung von Platinbindungsstellen unter Verwendung paralleler Rechenalgorithmen für Grafikprozessoren (GPUs). Diese Algorithmen wurden getestet und validiert, indem Platinbindungsstellen in fünf bekannten Proteinen analysiert wurden. Die Ergebnisse zeigten, dass diese Bindungsstellen mit erheblichem Erfolg vorhergesagt wurden. In unserer Analyse fanden HexServer und PatchDock Server keine mutmaßlichen Bindungsstellen für Cisplatin und Transplatin, wie wir sie für die fünf ausgewählten Proteine ​​gefunden hatten. Hierin haben wir gezeigt, dass die vorliegende Methode eine bessere Vorhersage der Platinbindungsstelle ermöglicht als die HexServer- und PatchDock-Methoden.