Immunomforschung
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Abstrakt

PREDTAP: Ein System zur Vorhersage der Peptidbindung an den menschlichen Transporter im Zusammenhang mit der Antigenverarbeitung

Guang Lan Zhang, Nikolai Petrovsky, Chee Keong Kwoh, J Thomas August and Vladimir Brusic

Hintergrund: Der mit der Antigenverarbeitung verbundene Transporter (TAP) ist eine entscheidende Komponente des Antigenverarbeitungs- und Präsentationswegs des Haupthistokompatibilitätskomplexes (MHC) Klasse I. TAP transportiert antigene Peptide in das endoplasmatische Retikulum, wo es sie in die Bindungsrille von MHC-Klasse-I-Molekülen lädt. Da Peptide zuerst von TAP transportiert werden müssen, um auf MHC-Klasse I präsentiert zu werden, sollten TAP-Bindungspräferenzen die Auswahl von T-Zell-Epitopen erheblich beeinflussen. Beschreibung: PREDTAP ist ein Computersystem, das die Peptidbindung an menschliches TAP vorhersagt. Es verwendet künstliche neuronale Netzwerke und Hidden-Markov-Modelle als Vorhersagemaschinen. Es wurden umfangreiche Tests durchgeführt, um die Vorhersagemodelle zu validieren. Die Ergebnisse zeigten, dass PREDTAP sowohl sensitiv als auch spezifisch war und eine gute Vorhersagekraft hatte (Fläche unter der ROC-Kurve Aroc>0,85). Schlussfolgerung: PREDTAP kann in Vorhersagesysteme für MHC-Klasse-I-bindende Peptide integriert werden, um die Leistung der In-silico-Vorhersage von T-Zell-Epitopen zu verbessern. PREDTAP ist für die öffentliche Nutzung unter [1] verfügbar.