Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Hauptkomponentenanalyse der Proteomdynamik bei eisenarmem Mycobacterium Tuberculosis

Prahlad K. Rao und Qingbo Li

Ziel dieser Studie ist die Verwendung der Hauptkomponentenanalyse (PCA) zur multivarianten Analyse der Proteomdynamik auf der Grundlage von Informationen über Proteinhäufigkeit und -umsatz, die durch hochauflösende Massenspektrometrie generiert werden . Wir haben zuvor über die Bewertung der Proteindynamik bei eisenarmem Mycobacterium tuberculosis berichtet und dabei interessante Zusammenhänge zwischen den zellulären Prozessen festgestellt, die Proteinsynthese, -abbau und -sekretion betreffen (Anal. Chem. 80, 6860-9). In dieser Studie verwenden wir einen Target-Decoy-Datenbanksuchansatz, um Peptide für die Quantifizierung mit einer Falschentdeckungsrate von 4,2 % auszuwählen. Wir verwenden außerdem PCA, um die Datendimensionen für eine einfachere Interpretation zu reduzieren. Die PCA-Ergebnisse zeigen, dass die Eigenschaften des Proteinumsatzes und der relativen Häufigkeit in dem durch die ersten drei Hauptkomponenten definierten Datenraum ungefähr orthogonal sind. Wir zeigen das Potenzial des Hotelling-T2-Werts (T2) als quantifizierbarer Index zum Vergleich von Änderungen zwischen Proteinfunktionskategorien. Der T2-Wert stellt die Bruttoänderung eines Proteins sowohl in Bezug auf Häufigkeit als auch Umsatz dar. Eine genaue Untersuchung des Antigen-85-Komplexes zeigt, dass T2 die koordinierten Veränderungen der Antigen-85-Komplexproteine ​​korrekt vorhersagt. Die mehrdimensionalen Proteindynamikdaten enthüllen außerdem die Sekretion des Antigen-85-Komplexes. Insgesamt zeigt diese Studie, dass PCA ein effektives Mittel ist, um die Interpretation des multivariaten Proteomdynamikdatensatzes zu erleichtern , was mit herkömmlichen Methoden ansonsten eine erhebliche Herausforderung bleiben würde.