Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Munther Alomari, Swetlana Mactier, Kimberley L. Kaufman, O. Giles Best, Stephen P. Mulligan und Richard I. Christopherson
Lipid Rafts sind spezialisierte Mikrodomänen in der äußeren Plasmamembran von Zellen und spielen eine wichtige Rolle bei verschiedenen Zellfunktionen, darunter Zellsignalisierung sowie sekretorische und endozytische Wege. Die Profilierung von Zelloberflächen, insbesondere des Lipid-Raft-Proteoms, hat in der Onkologie Interesse geweckt, da Raft-Proteine möglicherweise als neue Ziele für Diagnostik und Therapie dienen. Drei verschiedene Methoden wurden verwendet, um das Lipid-Raft-Proteom der menschlichen chronischen lymphatischen Leukämie (CLL)-Zelllinie MEC1 zu identifizieren. Zunächst wurden Lipid-Raft-Proteine mittels Saccharosegradienten-Ultrazentrifugation und 2D-Flüssigkeitschromatographie gekoppelt mit Tandem-Massenspektrometrie (LC-MS/MS) angereichert und identifiziert. Um die Proteinlokalisierung im Lipid Raft zu bestätigen, wurden Proteome vor und nach Cholesterinabbau durch Methyl-β-Cyclodextrin (MβCD) unter Verwendung von isobaren Tags zur relativen und absoluten Quantifizierung (iTRAQ)-Markierung gekoppelt mit 2D-LC-MS/MS verglichen. Lipid-Raft-Proteine wurden auch durch Immunpräzipitation von vernetztem CD20 identifiziert, einem Tetraspanin-Protein, das nach der Behandlung mit dem therapeutischen Antikörper Rituximab in das Lipid-Raft transloziert. Insgesamt wurden 643 Proteine in den Lipid-Rafts von CLL-Zellen gefunden (580 nach Ultrazentrifugation mit Saccharosegradient, 181 durch MβCD depletiert und 199 durch Immunpräzipitation isoliert) und 64 Proteine wurden mit allen 3 Methoden identifiziert. Diese Daten stellen das erste umfassende Profil des Lipid-Raft-Proteoms in CLL-Zellen dar und umfassen 30 Proteine, von denen bisher keine Verbindung zum Lipid-Raft bekannt war. Diese Proteine könnten neue diagnostische und therapeutische Ziele für CLL darstellen.