Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Proteinfraktionierung für quantitative Plasmaproteomik durch semiselektive Präzipitation

Ekaterina Mostovenko, Hannah C. Scott, Oleg Klychnikov, Hans Dalebout, André M. Deelder und Magnus Palmblad

Blutplasma ist eine hochkomplexe Mischung aus Proteinen, Metaboliten und Lipiden und eine reichhaltige Quelle potenzieller Biomarker für eine Reihe von Krankheiten und Zuständen. Die große Bandbreite der Proteinhäufigkeit stellt eine enorme Herausforderung für die Plasmaproteomik dar. Da jedoch eine relativ kleine Anzahl von Proteinen den größten Teil des gesamten Proteinpools ausmacht, kann der Konzentrationsbereich durch Erschöpfung häufig vorkommender Proteine ​​wie Albumin komprimiert werden. Um die Probenkomplexität zu reduzieren und die Proteinabdeckung zu erhöhen, haben wir eine Probenvorbereitungsmethode entwickelt, die auf halbselektiver Fällung mit Acetonitril bei unterschiedlichem pH-Wert basiert, und eine Datenanalyse-Pipeline aufgebaut, die verschiedene Suchstrategien kombiniert. Die von uns vorgeschlagene Methode ist reproduzierbar und leicht parallelisierbar (hoher Durchsatz) und könnte sich gut zur Fraktionierung von Plasma für markierungsfreie quantitative Proteomik in großen klinischen Studien eignen. Bis zu 90 % des Albumins und anderer häufig vorkommender Proteine ​​wurden entfernt, indem den auf pH 5 eingestellten Proben ein gleiches Volumen Acetonitril hinzugefügt wurde.