Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Behandlung von Proteinproben mit einer Peptidligandenbibliothek: Abdeckung und Konsistenz

Lei Li, ChengJun Sun, Steve Freeby, Dennis Yee, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Luc Guerrier, Egisto Boschetti und Lee Lomas

Die Erkennung von Proteinen mit geringer Häufigkeit in biologischen Proben ist eine der größten Herausforderungen bei proteomischen Untersuchungen. Ein Ansatz, der die Erkennung seltener Spezies ermöglicht, ist die Behandlung biologischer Proben mit kombinatorischen Festphasen-Peptidligandenbibliotheken. Die Verwendung von Ligandenkombinationen bringt jedoch eine Unsicherheit mit sich, da die Vielfalt der Bibliothek sehr groß ist und Aliquots von Perlen, die aus der Bibliothek entnommen werden, möglicherweise nicht jedes Mal völlig vergleichbare Perlenspezies aufweisen. Die Reproduzierbarkeit experimenteller Daten mit sehr unterschiedlichen Bibliotheken ist daher ein Hauptanliegen, das es zu lösen gilt. In diesem Artikel werden Reproduzierbarkeitsdaten berichtet, wenn Aliquots ähnlicher und unterschiedlicher Bibliotheksvolumina in einem bestimmten Verhältnis von Probe zu Bibliothek verwendet werden. Eluate aus Ligandenbibliotheken und andere Fraktionen werden mithilfe verschiedener komplementärer Methoden wie zweidimensionaler Gelelektrophorese, Immunassay und Massenspektrometrie analysiert. Die gesammelten Daten zeigen ein hohes Maß an Konsistenz von Probe zu Probe, wenn sie mit ähnlichen und variablen Perlenvolumina verarbeitet werden. Die analytischen Bestimmungen konvergieren alle miteinander, wenn die Ähnlichkeit der Ergebnisse berücksichtigt wird. Es wird erwartet, dass diese Demonstration die Möglichkeit unterstreicht, dass differenzielle Proteomikstudien, insbesondere zur Entdeckung interessanter Proteinziele, effektiv mit kombinatorischen Peptidbibliotheken durchgeführt werden können.