Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Proteomexpressionsdatenbank des Ewing-Sarkoms: ein Segment der Genommedizindatenbank von Japan Proteomics

Kazutaka Kikuta, Yukako Tsunehiro, Akihiko Yoshida, Naobumi Tochigi, Setsuo Hirohahsi, Akira Kawai und Tadashi Kondo

Das Ewing -Sarkom ist der zweithäufigste primäre bösartige Knochentumor bei Kindern und Jugendlichen weltweit. Hier berichten wir über eine frei zugängliche Proteomexpressionsdatenbank von acht Ewing-Sarkom-Fällen unter Verwendung von Proteomdaten, die durch zweidimensionale Differenzgelelektrophorese (2D-DIGE) und Massenspektrometrie gewonnen wurden. Aus primärem Tumorgewebe extrahierte Proteine ​​wurden mit CyDye DIGE Fluor-Sättigungsfarbstoff markiert und mithilfe eines großformatigen Elektrophoresegeräts getrennt, wodurch 2431 Proteinflecken erzeugt wurden. Die Massenspektrometrie nach der In-Gel-Verdauung identifizierte 330 Proteinflecken, die 220 Proteinen entsprachen. Anhand einzelner Proteinflecken wurden mehrere Proteine ​​beobachtet, und einzelne Proteine ​​erzeugten mehrere Proteinflecken, was auf eine Diversität des durch 2D-DIGE beobachteten Proteoms hindeutet. Die Ergebnisse von 2D-DIGE und Proteinidentifizierung mittels Massenspektrometrie sowie ein Teil der entsprechenden klinisch-pathologischen Daten wie die Prognose nach Behandlungen sind in der öffentlichen Proteomdatenbank Genome Medicine Database of Japan Proteomics (GeMDBJ Proteomics, https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/DigeTop.do) frei zugänglich.