Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Proteomisches Profiling des Ewing-Sarkoms enthüllt die Rolle von TRAF6 bei der Proliferation und Ribonukleoprotein-/RNA-Verarbeitung

Juan Madoz-Gurpide, David Herrero-Martin, Gonzalo Gomez-Lopez, Lourdes Hontecillas-Prieto, Michele Biscuola, Cristina Chamizo, Daniel Garcia-Dominguez, David Marcilla, Ana Teresa Amaral, Jose Luis Ordonez und Enrique de Alava

Trotz der Fortschritte im letzten Jahrzehnt im Verständnis der Molekularbiologie des Ewing-Sarkoms (ES) mangelt es uns noch immer an einem Verständnis kritischer Fragen, insbesondere jener zu seiner Entstehung. Insbesondere wurde wenig Aufwand in die Charakterisierung der Proteinkomponente der Mechanismen und Wege gesteckt, die durch die Aktivierung des Fusionsproteins infolge der chromosomalen Translokation ausgelöst werden. Wir beschlossen, die Proteinveränderungen einer ES-Zelllinie zu untersuchen, die ein repräsentatives Fusionsprotein trägt. Die Kombination aus RNA-Interferenz von EWSFLI1 in der ES-Zelllinie TC-71, einer Proteomanalyse durch 2-D-Elektrophorese und anschließender massenspektrometrischer Identifizierung sowie einer globalen Überrepräsentationsstudie ergab Veränderungen an mehr als 500 Stellen. 43 Proteine ​​wurden als signifikant unterschiedlich häufig identifiziert. Wie erwartet fanden und validierten wir Veränderungen in Proteinen, die mit der Nukleotidverarbeitung, der Transkriptionsregulierung, Ribonukleoproteinen, Helikasen, Zellzykluskontrolle und -vermehrung sowie Stoffwechselprozessen in Zusammenhang stehen. Darüber hinaus wurde der TNF-Rezeptor-assoziierte Faktor 6 als Knotenpunkt identifiziert. Unsere Strategie zeigte das Potenzial, das Protein-Wechselspiel aufzudecken, das mit den bekannten Funktionen des Fusionsproteins verbunden ist: Bindung an DNA und RNA, um als abweichende Transkriptionsfaktoren oder potente Repressoren zu wirken oder durch Veränderung der RNA-Verarbeitung.