Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Proteomisches Profiling von hochgradigem Glioblastom mittels virtueller experimenteller 2DE

Stanislav N Naryzhny, Maria A Maynskova, Victor G Zgoda, Natalia L Ronzhina, Svetlana E Novikova, Natalia V Belyakova, Olga A Kleyst, Olga K Legina, Rimma A Pantina und Michael V Filatov

Die Identifizierung und quantitative Analyse verschiedener Proteoformen (Proteinarten), die in einer aus hochgradigem Glioblastom generierten Zelllinie vorhanden waren, wurde mithilfe von zweidimensionaler Elektrophorese (2DE), Massenspektrometrie (ESI LC-MS/MS) und Immundetektion durchgeführt. Es wurde eine 2DE-Proteinkarte mit einem umfangreichen Datensatz aus 937 Stellen mit 1542 einzigartigen Proteinidentifikationen (Proteoformen) von 600 Genen erstellt. Zusätzlich wurde eine weitere Reihe von Experimenten durchgeführt, bei denen 16012 von 4050 Genen codierte Proteoformen durch MS/MS entsprechend ihrer Position in 96 Gelabschnitten (Pixeln) identifiziert wurden. Besonderes Augenmerk wurde auf die Proteine ​​gelegt, die potenzielle Biomarker von Glioblastomen sind. Die Liste dieser Biomarker wurde aus der Literatur zusammengestellt. Als Nächstes erstellten wir die Diagramme mit theoretischen und experimentellen Informationen über Proteoformen, die vom gleichen Gen codiert werden. Eine solche virtuelle experimentelle Darstellung ermöglichte eine bessere Visualisierung des Zustands dieser Genprodukte. Viele Proteine, die auch potenzielle Biomarker des Glioblastoms sind, zeichnen sich durch eine hohe Anzahl an Proteinspezies aus. Wir gehen davon aus, dass diese Spezies eine potenzielle Quelle hochspezifischer Biomarker des Glioblastoms sein könnten.