Transkriptomik: Offener Zugang
Offener Zugang

Abstrakt

Puromycin-Selektion bringt RNA-Sequenzprofile primärer menschlicher Erythroblasten durcheinander

von Vasconcellos

Die lentivirale Transduktion mit anschließender Puromycin-Identifikation ist eine weithin anerkannte Methode für Expressions-
und Expressionstests unter Verwendung einer Vielzahl von Zelltypen, darunter menschliche hämatopoetische Stamm- und
Abkömmlingszellen. Trotz ihrer breiten Anwendung
ist die Forschung in Bezug auf die möglichen Auswirkungen der bakteriellen Puromycin-N-Acetyltransferase (Pac)-Expression in Säugetierzellkulturen unzureichend. Hier
wurde das Potenzial der Puromycin-Identifikation, Transkriptomprofile zu beeinflussen, unter Verwendung eines weithin bekannten Modells für
die menschliche Erythropoese untersucht. Die Analysen wurden unter Verwendung essentieller CD34(+)-Zellen von sechs erwachsenen gesunden menschlichen
Spendern durchgeführt, die mit zwei finanziell verfügbaren Pac-kodierenden lentiviralen Vektoren transduziert und mit nicht-transduzierten
Kontrollzellen verglichen wurden. RNA-Seq-Expressionsprofile wurden in der Proerythroblastenphase der
Trennung erstellt, dann wurde die differenzielle Expression der Expression mit DEseq2 in der R-Studio-Software analysiert.
Die Unterschiede zwischen der Spendervielfalt in den DNA-Expressionsprofilen und den Unterschieden zwischen den Puromycin-selektierten Populationen
nach der Transduktion der verschiedenen lentiviralen Vektoren zeigten sich in großen Unterschieden in den RNA-Identitätsraten
von unter 0,1 %. Dennoch verursachte die Puromycin-Selektion nach der Pac-DNA-Transduktion signifikante Unterschiede in rund
5 % der mRNA im Vergleich zu nicht-transduzierten Kontrollen. Die Ergebnisse legen nahe, dass
die Fähigkeit der Puromycin-Selektion, die Translation von RNA-Seq-Transkriptomprofilen zu verwirren, in Betracht gezogen werden sollte.