Immunomforschung
Offener Zugang

Abstrakt

Quantitative Peptidbindungsmotive für 19 humane und Maus-MHC-Klasse-I-Moleküle, abgeleitet unter Verwendung von positionellen Scanning-Kombinatorischen Peptidbibliotheken

John Sidney, Erika Assarsson, Carrie Moore, Sandy Ngo, Clemencia Pinilla, Alessandro Sette und Bjoern Peters

Hintergrund: Es wurde bereits gezeigt, dass kombinatorische Peptidbibliotheken ein nützliches Werkzeug zur Charakterisierung der Bindungsspezifität von MHC-Molekülen der Klasse I sind. Im Vergleich zu anderen Methoden, wie Poolsequenzierung oder Messung der Affinitäten einzelner Peptide, bietet die Verwendung von kombinatorischen Positionsscanbibliotheken eine kostengünstige, quantitative und unvoreingenommene Basischarakterisierung der molekularen MHC-Spezifität. Ergebnisse: Hier präsentieren wir eine groß angelegte Anwendung dieser Technologie auf 19 verschiedene Allele der Klasse I von Mensch und Maus. Dazu gehören sehr gut charakterisierte Allele (z. B. HLA A*0201), Allele mit wenigen verfügbaren Daten (z. B. HLA A*3201) und Allele mit widersprüchlichen früheren Berichten zur Spezifität (z. B. HLA A*3001). Für alle Allele konnten die kombinatorischen Positionsscanbibliotheken unterschiedliche Bindungsmuster aufzeigen, die mit einem einheitlichen Ansatz definiert wurden, den wir hier zur Verfügung stellen. Wir führen eine heuristische Methode ein, um diese Daten in klassische Definitionen von Haupt- und Sekundärankerpositionen und ihren bevorzugten Resten zu übersetzen. Schließlich bestätigen wir, dass diese Matrizen verwendet werden können, um Kandidaten für MHC-Bindungspeptide und T-Zellepitope in den Vacciniavirus- bzw. Influenzavirussystemen zu identifizieren. Schlussfolgerung: Diese Daten bestätigen in großem Maßstab, einschließlich 15 humanen und 4 Maus-Klasse-I-Allelen, die Wirksamkeit des Positionsscanning-Kombinationsbibliotheksansatzes zur Beschreibung der MHC-Klasse-I-Bindungsspezifität und Identifizierung hochaffiner Bindungspeptide. Diese Bibliotheken erwiesen sich als nützlich zur Identifizierung spezifischer primärer und sekundärer Ankerpositionen und damit einfacherer Motive, analog zu denen, die durch andere Ansätze beschrieben wurden. Die vorliegende Studie liefert auch Matrizen, die zur Vorhersage hochaffiner Binder für mehrere Allele nützlich sind, für die bisher detaillierte quantitative Beschreibungen der Bindungsspezifität nicht verfügbar waren, darunter A*3001, A*3201, B*0801, B*1501 und B*1503.