Zeitschrift für klinische und experimentelle Ophthalmologie
Offener Zugang

Abstrakt

Screening des RB1- Gens bei algerischen Patienten und Vorhersage der Pathogenität von Variationen durch In-silico -Analyse

Amina Mama Boubkeur, Lotfi Louhibi, Meriem Abdi, Fatima Zohra Moghtit, Nacera Tabet Aoul, Rym Abderrahmane, Khadija Mahmoudi, Meriem Aberkane und Nadhira Saidi-Mehtar

Das Retinoblastom ist ein pädiatrischer Netzhauttumor, der durch die biallelische Inaktivierung des Retinoblastomgens ( RB1 ) entsteht. Die meisten Veränderungen sind einzigartig und zufällig über die gesamte codierende Region verteilt. Ziel dieser Studie war zunächst, Mutationen zu identifizieren, die das RB1-Gen auf konstitutioneller Ebene beeinträchtigen könnten, und so zum Verständnis der molekularen Pathogenese dieser Krankheit und zur Früherkennung von Risikopersonen und asymptomatischen Trägern beizutragen. Die Feststellung von Variationen in der DNA von 30 Patienten erfolgte mittels Hochleistungsflüssigchromatographie (HPLC), gefolgt von Sequenzierung. Zweitens entwickelten wir ein In-silico- Analyseprotokoll unter Verwendung unterschiedlicher Software, die auf analytischen (Align GVGD, Mutation Tasting, SIFT, PolyPhen, I-Mutant und KD4V) und strukturellen (Swiss-Pdb Viewer) Methoden basiert. Mit diesem Protokoll konnten die schädlichen Auswirkungen von Mutationen auf das Protein pRb vorhergesagt werden. Das Mutationsspektrum umfasste 2 Missense-Mutationen, 1 Nonsense-Mutation, 1 Deletion, 1 Mutation, die die Spleißstelle betrifft und 2 Polymorphismen. Einige dieser Mutationen wurden auf Keimblattebene bei Kindern festgestellt, in deren Familien die Krankheit nicht vorkam. Daher wurden durch die In-silico- Analyse nur drei kausale Mutationen identifiziert: Die erste intronenartige Mutation an der Spleißspenderstelle verursachte vermutlich eine Rahmenverschiebung und führte zu einem verkürzten Protein. Die zweite Missense-Mutation c.1903 G˃C beeinflusst vermutlich Spleißprozesse. Die dritte Mutation c.1961T>A in Exon 20 kann Funktion und Struktur des Proteins stören.
In dieser Studie hat die In-silico- Analyse die Auswirkungen von Mutationen auf die Struktur und Funktion des Proteins gezeigt. Es ist interessant, diese Ergebnisse mit anderen Funktionsstudien zu vergleichen, um die Funktionalität der Mutationen zu bewerten.