Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik

Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

ISSN: 0974-276X

Abstrakt

Serumpeptidprofile von Patienten mit Duchenne-Muskeldystrophie (DMD), ausgewertet durch Datenverarbeitungsstrategien für hochauflösende Inhalte

Vishna D Nadarajah, Bart JA Mertens, Hans Dalebout, Marco R Bladergroen, Sharmini Alagaratnam, Penny Garrood, Kate Bushby, Volker Straub, André M Deelder, Johan T den Dunnen, Gert-Jan B van Ommen, Peter AC 't Hoen und Yuri EM van der Burgt

Die Genauigkeit der Massenspektrometrie (MS)-basierten Analyse von Peptiden in komplexen biologischen Mischungen verbessert sich durch den Einsatz hochauflösender Instrumente. Allerdings stellen hochauflösende Inhalte eine Herausforderung für die Datenverarbeitung und statistische Analyse dar. Hier wurden drei verschiedene Datenverarbeitungsstrategien hinsichtlich der Klassifizierungsleistung anhand einer genau definierten Kohorte von Serumproben von Patienten mit Duchenne-Muskeldystrophie (DMD) und Kontrollpersonen evaluiert. Zu diesem Zweck wurden Serumproben mithilfe eines Festphasenextraktionsprotokolls (SPE) auf Basis von Umkehrphasen-(RP)-C18-Magnetkügelchen gereinigt. Isotopenaufgelöste Peptidprofile wurden mit einem Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight (MALDI-TOF)-Massenspektrometer erfasst und entweder mithilfe des vollständigen Massenspektrums oder nach Auswahl von Peaks zwischen 1000

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