Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Fingerprinting auf Basis einfacher Sequenzwiederholungen enthüllt die genetische Architektur der Teepflanze (Camellia sinensis (L.) O. Kuntze) auf dem Mambilla-Plateau im Bundesstaat Taraba, Nigeria

LI Emeagi, TL Thomas, LE Uduak, TE Konyeme, OU Udensi

Die enorme therapeutische, ernährungsphysiologische und wirtschaftliche Bedeutung der Teepflanze ( Camellia sinensis (L.) O. Kuntze) kann nicht genug betont werden. Die genaue Bestimmung ihrer Desoxyribonukleinsäure (DNA)-Polymorphismen und ihrer genetischen Vielfalt, insbesondere anhand von DNA-Sequenzdatensätzen, die durch molekulare Charakterisierungstests gewonnen wurden, ist jedoch eine wichtige Strategie bei der Planung und Gestaltung von Zuchtprogrammen für Mambilla-Tee. In der vorliegenden Studie berichteten wir, dass der Simple Sequence Repeats (SSR)-Marker der Histon -Gen-Amplicons ( H2A.Cs ) deutliche Bandenprofile aufwies, wobei die mittlere Heterozygotie (He) 0,277 ± 0,051, 0,214 ± 0,070, 0,274 ± 0,078, 0,385 ± 0,043 bzw. 0,262 ± 0,078 betrug. Fünf Teepopulationen wiesen eine geringe genetische Distanz (GD) und eine sehr enge genetische Identität (GI) auf. Die phylogenetische Analyse zeigte, dass zwei verschiedene Cluster mit 6 Teeklonen in Cluster 1 und 38 Teeklonen in Cluster 11 generiert wurden, es gab jedoch kein ausgeprägtes Clustermuster, da die verschiedenen Populationen mit Bootstrap-Werten vermischt waren, die eine gemeinsame Vorfahrenbeziehung zeigten. Das Ergebnis der Analyse der molekularen Varianz (AMOVA) ergab eine Variation innerhalb der Population von 99,9 % und zwischen den Populationen von 0,1 %, während die PCoA sechs Cluster mit einer prozentualen Variation in den Teepopulationen von 65,93 %, 33,61 % und 0,46 % (1. ^, 2. ^und 3. ^Achse ) generierte. Die Nukleotidhäufigkeiten waren A (23,14 %), T (32,53 %), C (19,38 %) und G (24,95 %), während die Übergangs-/Transversionsratenverhältnisse k1 = 14,562 für Purine und k2 = 0,183 für Pyrimidine sind. Das Gesamtverhältnis Übergangs-/Transversionsbias (R) = 3,414, R = (A*G*k1+T*C*k2)/((A+G)*(T+C)). Unsere Ergebnisse zeigten auch, dass nur die Gensequenz des Teeklons aus Bangoba (BAN3) nicht das gleiche Substitutionsmuster wie andere Gensequenzen anderer Teeklone unter Verwendung des Monte-Carlo-Tests aufwies. Wir berichteten auch über den Differenzierungsgrad zwischen den fünf Teepopulationen, der einen geschätzten Fixierungsindex (FST) von 67,81 % (0,6781) (Karaka-Population (Keimmaterial)) > 61,33 % (0,6133) (Anbaupopulation) > Bangoba-Teepopulation (0,5984) ˃ 0,5810 (Kasalasa-Population) ˃ (0,5032) (Kusuku-Population) ergab. Die Strukturanalyse ergab, dass die Populationen genetisch ähnlich waren, mit einem Anteil von 24,2 % an der Stichprobe in jedem der 5 Populationscluster: Kusuku (19,4 %), Bangoba (15,2 %), Kasalasa (25,5 %), Kakara (15,8 %) und Anbaupopulation. Die vorliegende Studie deutet darauf hin, dass die Teepopulationen auf dem Mambilla-Plateau sehr homogen sind und die Einführung eines neuen Elite-Genotyps/Keimmaterials zur Züchtung und Verbesserung erforderlich ist.