Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Standardisierung des Proteomik-Workflows für die Flüssigkeitschromatographie-Massenspektrometrie: Technische und statistische Überlegungen

Sudhir Srivastava, Michael Merchant, Anil Rai und Shesh N. Rai

Einleitung: Die quantitativen Messungen auf Basis von Flüssigchromatographie (LC) in Verbindung mit Massenspektrometrie (MS) leiden häufig unter dem Problem fehlender Werte und Datenheterogenität aufgrund technischer Variabilität. Wir haben einen Proteomik-Datensatz aus menschlichem Nierenbiopsiematerial untersucht, um die technischen Auswirkungen der Probenvorbereitung und der quantitativen MS zu untersuchen.

Methoden: Wir haben die Auswirkungen von Gewebelagerungsmethoden (TSMs) und Gewebeextraktionsmethoden (TEMs) auf die Datenanalyse untersucht. Es gibt zwei TSMs: gefroren (FR) und FFPE (formalinfixiertes, in Paraffin eingebettetes Gewebe); und drei TEMs: MAX, TX gefolgt von MAX und SDS gefolgt von MAX. Wir haben die Auswirkungen verschiedener Strategien zur Analyse der Daten unter Berücksichtigung von Heterogenität und MVs bewertet. Wir haben ein Varianzanalysemodell (ANOVA) verwendet, um die Auswirkungen aufgrund verschiedener Variabilitätsquellen zu untersuchen.

Ergebnisse und Schlussfolgerung: Wir haben festgestellt, dass das FFPE-TSM besser ist als das FR-TSM. Wir haben auch festgestellt, dass das einstufige TEM (MAX) besser ist als die zweistufigen TEMs. Darüber hinaus haben wir festgestellt, dass die Imputationsmethode ein besserer Ansatz ist, als die Proteine ​​mit MVs auszuschließen oder ein unausgewogenes Design zu verwenden.