Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Structural Epitope Database (SEDB): Eine webbasierte Datenbank für Epitope und ihre intermolekulare Interaktion sowie Informationen zur Tertiärstruktur

Om Prakash Sharma, Arindam Atanu Das, Krishna R, Suresh Kumar M und Premendu P Mathur

Ein Epitop ist eine antigenische Determinante. Es ist ein Teil eines Antigens, das von spezifischen Rezeptoren des Immunsystems erkannt wird, und zwar ausschließlich von Antikörpern, B-Zellen oder T-Zellen. Umfassendes molekulares Wissen über Epitope wird daher große Auswirkungen auf die Entwicklung von Impfstoffen und Medikamenten haben. In vorhandenen Epitopdatenbanken fehlen vollständige Strukturinformationen zu Epitopen. Daher haben wir eine frei zugängliche Datenbank zur Beschreibung der dreidimensionalen Struktur von Epitopen und ihrer Wechselwirkung mit Antigenen und Antikörpern entwickelt. Wir haben 619 Epitopstrukturen aus der Protein Data Bank katalogisiert und Forschungsartikel veröffentlicht. Unsere Datenbank bietet eine umfassende Sammlung von B-Zell-, T-Zell- und MHC-bindenden Proteinen. Zur Vereinfachung für den Benutzer wurden diese Epitope nach Struktur (lineares Epitop und diskontinuierliches Epitop) und Zelltyp (B-Zell-, T-Zell- und MHC-bindend) klassifiziert. Unsere Datenbank enthält spezielle Merkmale von Epitopen, darunter komplexe ID, Epitopsequenz, Epitoplänge, Epitopposition, Quellinformationen, Methode zur Strukturbestimmung, taxonomische ID und Antigen-Antikörper-interagierende Reste. Sie fasst auch Strukturinformationen zu Multidomänenproteinen zusammen, wie Proteinname, Polypeptidtyp, Molekülname, Ketten-ID, Fragmentlänge, Sequenzlänge und Aminosäuresequenz. Darüber hinaus bietet sie Gene-Ontology, MolProbity und ein Epitopvisualisierungstool für ein besseres und klareres Verständnis der Epitopkonformation und ihrer Interaktion mit Proteinen. Die Benutzeroberfläche ist mit anderen öffentlichen Datenbanken wie IEDB, UniprotKB, PDB, NCBI und anderen bestehenden Epitopdatenbanken verknüpft, um sie informativer zu gestalten. Die benutzerfreundliche Webseite ist kostenlos unter der URL http://sedb.bicpu.edu.in verfügbar.