Immunomforschung
Offener Zugang

Abstrakt

TAP Hunter: ein SVM-basiertes System zur Vorhersage von TAP-Liganden unter Verwendung der lokalen Beschreibung der Aminosäuresequenz

Tze Hau Lam, Hiroshi Mamitsuka, Ee Chee Ren, Joo Chuan Tong

Hintergrund: Der selektive Peptidtransport durch den mit der Antigenverarbeitung assoziierten Transporter (TAP) stellt einen der wichtigsten Kandidatenmechanismen dar, die die Präsentation antigener Peptide gegenüber HLA-Klasse-I-Molekülen regulieren könnten. Da TAP-Bindungspräferenzen die Epitopauswahl von T-Zellen erheblich beeinflussen können, besteht großes Interesse an der Anwendung computergestützter Techniken zur systematischen Entdeckung dieser Elemente.

Ergebnisse: Wir beschreiben TAP Hunter, ein webbasiertes Computersystem zur Vorhersage von TAP-bindenden Peptiden. Ein neuartiges Kodierungsschema, das auf Darstellungen von TAP-Peptidfragmenten und Zusammensetzungseffekten basiert, ermöglicht die Identifizierung von TAP-Liganden variabler Länge unter Verwendung von SVM als Vorhersage-Engine. Das System wurde mithilfe von 613 experimentell verifizierten Peptidsequenzen gründlich trainiert und getestet. Die Ergebnisse zeigen, dass das System eine gute Vorhersagekraft mit einer Fläche unter der ROC-Kurve (AROC) ≥0,88 aufweist. Darüber hinaus wird TAP Hunter mit mehreren verfügbaren öffentlichen TAP-Prädiktoren verglichen und hat entweder eine bessere oder vergleichbare Leistung gezeigt.

Schlussfolgerungen: TAP Hunter bietet eine zuverlässige Plattform zur Vorhersage der Bindung von Peptiden variabler Länge an den TAP-Transporter. Um der wissenschaftlichen Gemeinschaft die Nutzung von TAP Hunter zu erleichtern, wurde ein einfacher, flexibler und benutzerfreundlicher Webserver entwickelt, der kostenlos unter http://datam.i2r.a-star.edu.sg/taphunter/ verfügbar ist.