Zeitschrift für Chromatographie und Trenntechniken
Offener Zugang

Abstrakt

Die Anwendung von SIMCA P+ in der Shotgun-Metabolomics-Analyse von ZIC®HILIC-MS-Spektren von menschlichem Urin – Erfahrungen mit der Datenextraktionssoftware Shimadzu IT-T und Profiling Solutions.

Drupad K. Trivedi und Ray K. Iles

Die Suche nach Biomarkern für Krankheiten hat sich mit der Entwicklung der Technologie von Metaboliten zu Proteinen und Genen und wieder zurück verlagert. Bioanalytiker werden seit Jahrzehnten darin geschult, bestimmte Moleküle methodisch zu isolieren, zu identifizieren und zu messen. Schnelle Trennungen werden mit einer unglaublich schnellen Massenspektrometrie kombiniert und es werden innerhalb von Minuten analytische Profile erstellt, die unfassbare Datenmengen enthalten. Wie das alte Sprichwort sagt: „Wir sehen den Wald vor lauter Bäumen nicht.“ Die Erkenntnis ist, dass wir in diesem Zeitalter der Datenvielfalt bestimmte Moleküle nicht mehr methodisch isolieren, charakterisieren und messen müssen. Wichtig ist, herauszufinden, welches der Hunderten oder Tausenden aufgelösten und gemessenen „unbekannten“ Moleküle mit der Pathologie in Zusammenhang steht, die uns interessiert. Das Ziel sind Marker von klinischer Relevanz, und die statistische Untersuchung von Assoziationsmustern ist das neue Mantra des biomedizinischen Analytikers – die sogenannte Shotgun-Analyse. Wie Ihnen jedoch jeder klinisch-biomedizinische Wissenschaftler sagen wird, muss ein Biomarker robust, einfach, schnell und kostengünstig zu messen sein, wenn er in einem Krankenhauslabor eingesetzt werden soll. Jede Shotgun-Analyse muss diese Einschränkungen berücksichtigen und darf nicht nur statistische Ausreißer identifizieren, die nur manchmal in einigen Proben und nicht durchgängig bei der Mehrzahl der betreffenden Pathologien auftreten. Wir haben die Software SIMCA P+ plus bei der Shotgun-Metabolomanalyse von Schwangerschaftsurin angewendet.