Immuntherapie:Offener Zugang
Offener Zugang

Abstrakt

Die Vielfalt und Heterogenität von TCR und BCR bei Pan-Cancer

Yu-Bao Chen*, Bo Li1, Wen-Xiang Hu*, Li-Da Xu*, Hui-Xue Tang, Jing Zhang, Jin-Dan Guo

Einleitung: Mit der Entwicklung der Sequenzierungstechnologie wird RNA-Seq immer beliebter. Die Methode, die RNA-Seq-Technologie zur Analyse des Immunrepertoires zu verwenden, bietet die Vorteile eines geringen Probenbedarfs, einer einfachen Bedienung und umfassender Informationen.

Methoden: RNA-Sequenzierungsdaten wurden von SRA in NCBI heruntergeladen, darunter 79 Paare von Krebsgewebeproben und benachbarten nicht-krebsartigen Gewebeproben von vier repräsentativen Krebsarten. Basierend auf der Literatur wurde die CutAdapt-Software eingesetzt, um Adapter, Barcode-Basen und Basen von geringer Qualität zu entfernen. Das MiXCR-Softwarepaket wurde eingesetzt, um Rezeptorsequenzen des Immunrepertoires zu extrahieren.

Ergebnisse: Die RNA-Sequenzdaten aus der öffentlichen Datenbank wurden verwendet, um die TCR- und BCR-Sequenzen von Krebs und normalem Gewebe bei vier Krebsarten, darunter Kolon-, Lungen-, Pankreas- und Magenadenokarzinom, zu analysieren und zu vergleichen. Es wurde festgestellt, dass die klonale Diversität von TCR bei verschiedenen Krebsarten unterschiedlich ist und die Vielfalt von BCR zwischen Krebsgewebe und gesundem Gewebe offensichtlich ist. Basierend auf der Analyse nicht gemeinsamer CDR3-Sequenzen ist der Grad der Heterogenität von TRB bei verschiedenen Krebsarten, bei verschiedenen Personen mit derselben Krebsart, bei Krebsgewebe und bei parakanzerösem Gewebe derselben Person unterschiedlich. Auch die Korrelation zwischen den Expressionsniveaus der fünf wichtigsten Immuncheckpoint-Gene und der Anzahl der TCR-Klone war bei verschiedenen Krebsarten unterschiedlich.

Schlussfolgerung: Durch die Analyse der Immunrepertoires in Krebsgewebe und angrenzendem Nichtkrebsgewebe von COAD, LUAD, PAAD und STAD wurden keine signifikanten Unterschiede in der TCR-Anzahl und den Shannon-Entropien innerhalb derselben Krebsart festgestellt. Es gibt jedoch signifikante Unterschiede in den TCR-Zahlen und Shannon-Entropien zwischen verschiedenen Krebsarten. Die Ergebnisse bestätigen den Vorteil der RNA-Sequenzanalyse bei der Erfassung individueller Immunrepertoires.