Zeitschrift für antivirale und antiretrovirale Medikamente
Offener Zugang

Abstrakt

Untersuchung der konformationellen Anpassungsfähigkeit des konservierten GPGR-Segments in der V3-Schleife von HIV-1

Sudha Srivastava und Meena Kanyalkar

Um einen wirksamen HIV-Impfstoff zu entwickeln, ist es wichtig, die Beziehung zwischen Sequenzdiversität und Konformationen der Haupt-Neutralisierungsdeterminanten (PND)-Peptide, der hypervariablen Region von gp120, zu untersuchen. Zwei Fragmente 318-327 und 315-329 von gp120 werden als PND kartiert und können HIV-1-spezifische zytotoxische Lymphozytenaktivität induzieren, die virusinfizierte Zellen abtöten könnte. Folglich kann die Entwicklung einer geordneteren und biologisch relevanteren Konformation der immunogenen Region der gp120-V3-Schleife bei der Entwicklung wirksamerer Immunogene für die Entwicklung eines HIV-1-Impfstoffs helfen. Um optimale strukturelle Präferenzen aufzudecken, haben wir die konformationelle Anpassungsfähigkeit von zwei Fragmenten der V3-Schleife von gp120 untersucht, die eine GPGR-Sequenz enthalten, die hauptsächlich die Kronenregion umfasst. Kernspinresonanzspektroskopie (NMR) und molekulare Dynamiksimulationen (MD) wurden verwendet, um die Konformation in verschiedenen Lösungsmittelsystemen wie Wasser und Hexafluoraceton (HFA) abzubilden. In HFA zeigt das größere Fragment 315-329 eine gewisse Neigung zur Bildung einer Sekundärstruktur. Dies deutet darauf hin, dass die Länge des Fragments entscheidend für die Bildung einer Sekundärstruktur ist, die für den hypervariablen Status der V3-Schleife verantwortlich sein könnte. In Wasser zeigen beide Fragmente jedoch keine spezifischen Konformationspräferenzen.