Enzymtechnik
Offener Zugang

Abstrakt

Aufreinigungsneigung für Proteine ​​aus Bacillus halodurans

Shaomin Yan und Guang Wu

Die Nachfrage nach Proteinen für spezielle Zwecke steigt deutlich an. Diese Proteine ​​werden im Allgemeinen durch rekombinante Proteine ​​gewonnen, ihre Reinigung ist jedoch kostspielig und nicht einfach. Es ist unbedingt wichtig, eine Methode zu entwickeln, um die Chance einer Reinigung im Voraus abzuschätzen, um eine Prognose für die betreffenden Proteine ​​zu erhalten. Die Reinigung eines Proteins sollte mit den instinktiven Eigenschaften eines Proteins, einschließlich seiner 3D-Struktur, in Zusammenhang stehen, und bisher wurden etwa 540 Aminosäureeigenschaften gefunden. Somit ist es möglich, jede Aminosäureeigenschaft anhand der erfolgreichen Proteinreinigungsrate zu testen, um herauszufinden, welche Eigenschaft besser geeignet ist, um die Reinigungsneigung abzuschätzen. In dieser Studie wurde jede der 535 Eigenschaften anhand von 438 gereinigten und 429 unmöglich gereinigten Proteinen aus Bacillus halodurans unter Verwendung einer logistischen Regression und eines neuronalen Netzwerkmodells getestet. Die ROC-Analyse wurde auf die resultierende Sensitivität und Spezifität angewendet. Die Ergebnisse zeigen, dass die Eigenschaften der Aminosäurezusammensetzung im Allgemeinen weniger hilfreich waren, um die Reinigungsneigung abzuschätzen, während die physikochemischen Eigenschaften, Sekundärstrukturen und dynamischen Eigenschaften von Aminosäuren nützlicher waren und dynamische Eigenschaften vielversprechender waren. Daher können verschiedene Arten von Proteineigenschaften dazu dienen, die Reinigungsneigung von Proteinen zu bestimmen und haben das Potenzial, die Kosten zu senken und die Produktion in mikrobiologischen und biotechnischen Bereichen zu beschleunigen.