Enzymtechnik
Offener Zugang

Abstrakt

Subtypisierung von Gliomen durch Kombination von Genexpression und CNV-Daten basierend auf einem Compressive-Sensing-Ansatz.

Sanjay Sharma

In letzter Zeit ermöglicht die Entwicklung von Biotechniken es Forschern, aus einer Analyse verschiedene Arten von Daten zu sammeln, wie z. B. DNA-Expression-Daten, SNP-Daten und Daten zu Kopienzahlvariationen (CNVs). Durch die Kombination verschiedener Datentypen können bessere Ergebnisse erzielt werden als durch die Verwendung einzelner Daten. Die kombinierte Analyse mit verschiedenen Datentypen genomweiter Messungen ist kein neues Konzept, aber wie diese effizient für die biologische Offenlegung kombiniert werden können, ist eine ständige Herausforderung. Eine Online-Plattform namens Magellan wurde für die kombinierte Analyse der DNA-Replikatzahl und der Expressionsdaten bei Eierstockkrebs entwickelt. Magellan hat die bemerkenswerte Beziehung zwischen der DNA-Expression und der Patientenüberlebensfähigkeit entdeckt. entwickelte ein Bayes-Modell zur Kombination heterogener Datenquellen zur Vorhersage der DNA-Expressionsfähigkeit. Im Vergleich zur Mikroarray-Analyse allein wurde eine verbesserte Genauigkeit der DNA-Gruppierungen erreicht. Bei der kombinierten Analyse verschiedener genomweiter Datensätze wurden auch Algorithmen für partielles statistisches Lernen verwendet. Einige integrierte Analysemethoden erfordern, dass die Datensätze die gleiche Streuung aufweisen. Vor der Analyse müssen die Datensätze so geändert werden, dass sie die gleiche Streuung aufweisen. Vor kurzem wurde eine integrative Methode beschrieben, die Verknüpfung, Merkmalsaussage und Zugehörigkeit kombiniert, um Kandidatenmerkmale im Zusammenhang mit BMD zu identifizieren. Die in dieser Arbeit vorgeschlagene integrierte Analysemethode stellt keine besonderen Anforderungen an Datentypen oder Datenzuweisungen. Um die Angemessenheit unserer Methode zu testen, haben wir sie auf die Untertypisierung von Gliomen angewendet. Gliome sind Tumoren, die im Gehirn oder Rückenmark beginnen und aus Gliazellen entstehen. Gliome sind die häufigste Art von kritischen Gehirntumoren bei Erwachsenen. Die Klassifizierung von Gliomen kann auf Zelltyp, Analyse und Lokalisation basieren. Beispielsweise können Gliome anhand einer pathologischen Bewertung des Tumors in 2. Grades und hochgradig eingeteilt werden. In dieser Studie charakterisieren wir die Untertypen anhand genetischer und molekularer Merkmale gemäß der Referenz . Die Klassifizierung der Gliomsubtypen hat eine Menge Aufmerksamkeit auf sich gezogen und wurde von vielen Forschungsgruppen untersucht. Der Großteil der Arbeiten basierte auf qualitativ hochwertigen Artikulationsdaten. Es wurde festgestellt, dass vier Subtypen von Gliomen, Oligodendrogliom, anaplastisches Oligodendrogliom, anaplastisches Astrozytom und Glioblastoma multiforme, nur durch zwei- oder dreistufige Mischungen identifiziert werden können. Es wurde ein k-nächstes Modell mit 20 Merkmalen zusammengestellt, um 28 Glioblastome und 22 anaplastische Oligodendrogliome zu gruppieren. Es wurde sichergestellt, dass die Klasse