Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Genome Mining von Streptomyces formicae KY5 zur Charakterisierung potenzieller arzneimittelähnlicher Naturstoffe

Mohibullah Shah*, Sana Gul, Adnan Amjad, Muhammad Sameem Javed, Batool Fatima, Haq Nawaz, Jaweria Ishaq

Die Gattung Streptomyces ist eine Quelle verschiedener klinisch bedeutsamer bioaktiver Metabolite. Taxonomisch gesehen ist Streptomyces formicae KY5 eine neue und andere Art. Die vollständigen Genomsequenzen von S. formicae KY5 stehen in öffentlichen DNA-Sequenzdatenbanken für verschiedene Analysen zur Verfügung. Die Verfügbarkeit der Genomsequenz bietet eine ausgezeichnete Gelegenheit, das Sekundärmetabolitenpotenzial dieser besonderen Streptomyces-Art zu erforschen. In dieser Studie haben wir moderne bioinformatische Ressourcen eingesetzt, um die vollständige Genomsequenz von S. formicae KY5 zu annotieren. Dabei werden bioinformatische Tools eingesetzt, um alle Sekundärmetaboliten zu lokalisieren, die sich unter ihren biosynthetischen Genclustern (BGCs) verbergen. Es wurde festgestellt, dass S. formicae KY5 durch die entsprechende genomische Kodierung unterschiedliche und verschiedene Sekundärmetaboliten synthetisiert. Die prädiktive Analyse hat ergeben, dass dieser Stamm 34 Gencluster zur Kodierung potenzieller Sekundärmetaboliten besitzt. Um strukturelle Ähnlichkeiten mit anderen Medikamenten festzustellen, haben wir die Medikamentendatenbank durchsucht. Das Medikamentenziel und das Medikament mit der größten Ähnlichkeit wurden für das molekulare Docking aus der PDB abgerufen. Die molekulare Dockinganalyse wurde mithilfe eines molekularen Operationstools durchgeführt, um das medikamentenähnliche Potenzial der chemischen Verbindungen zu bewerten. Drei medikamentenähnliche Verbindungen wurden aus S. vorhergesagt.