Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
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Abstrakt

Molekulare Klonierung und bioinformatische Analyse von APEX1, einem DNA-Basenexzisionsreparaturenzym vom Tianzhu-Weißen Yak (Bos grunniens)

Quanwei Zhang, Xueying Wang, Jishang Gong, Youji Ma, Yong Zhang und Xingxu Zhao

Die molekulargenetische Suche nach Kandidatengenen für Anpassungsfähigkeit an hohe Lagen und Kälteresistenz ist zu einem weltweit heißen Thema in der Plateaubiologie geworden, insbesondere bei Mensch und Yak. Da APEX1 ein Referenzgen ist, das eine entscheidende Rolle beim Enzym Base Excision Repair (BER) spielt, können Forschungen zu Yak-APEX1 helfen, die Anpassung der Yaks an Plateaus zu verstehen und so ihren ökonomischen Wert weiter zu steigern. Die vollständige cDNA-Sequenz der Apurin-/Apyrimidin-Endonuklease 1 (APEX1) wurde aus dem Weißen Tianzhu-Yak geklont, um die Rolle von APEX1 und seiner Mechanismen bei der Stressresistenz zu untersuchen. PCR- und RACE-Techniken wurden verwendet, um die vollständige APEX1-cDNA-Sequenz zu erhalten. Die Ergebnisse zeigten, dass die vollständige cDNA von Yak-APEX1 1391 bp lang war (GenBank-Zugangsnummer KF611690) mit einem ORF von 957 bp, das 318 Aminosäuren kodiert. Die Aminosäuresequenzanalyse ergab, dass APEX1 bei den meisten Säugetieren stark konserviert ist. Das vorhergesagte Molekulargewicht und der pI von Yak-APEX1 betrugen 35,1 KDa bzw. 7,82. Laut der Analyse der APEX1-Aminosäure im weißen Tianzhu-Yak war APEX1 eine Art hydrophiles, aber kein sezerniertes und transmembranöses Protein. Die vorhergesagte 3D-Struktur von APEX1 weist ähnliche Faltungen und Topologie wie die von menschlichem APEX1 auf. Die relativen Expressionen von APEX1 in Leber, Herz, Hoden, Eierstock, Lunge, Gehirn, Muskel, Milz und Niere wurden durch quantitative Echtzeit-PCR ermittelt. Das Ergebnis deutete darauf hin, dass das höchste Expressionsniveau von Yak-APEX1-mRNA im Gehirn vorlag, gefolgt von Eierstock, Milz und Niere.