Zeitschrift für Proteomik und Bioinformatik
Offener Zugang

Abstrakt

Das proteomische Profil von Pankreaskrebszelllinien im Zusammenhang mit Karzinogenese und Metastasierung

Masayo Yamada, Kiyonaga Fujii, Koji Koyama, Setsuo Hirohashi und Tadashi Kondo

Zur Untersuchung des proteomischen Hintergrunds der Karzinogenese und des Fortschreitens von Bauchspeicheldrüsenkrebs wurden die Proteinexpressionsprofile von neun gut charakterisierten Pankreasadenokarzinom-Zelllinien, deren Metastasierungspotenzial zuvor in einem Maus-Xenograft-Modell untersucht wurde, und zwei immortalisierten Pankreasgang-Zelllinien untersucht. Mittels zweidimensionaler Differenzgelelektrophorese (2D-DIGE) wurden 126 Proteinflecken identifiziert, deren Intensität sich zwischen den normalen Pankreasgang-Zelllinien und den Pankreaskrebs-Zelllinien mit unterschiedlichem Metastasierungspotenzial signifikant unterschied. Die massenspektrometrische Proteinidentifizierung zeigte, dass diese Proteinflecken 95 einzigartigen Genen entsprachen, darunter Proteine, von denen zuvor keine Abweichungen bei Bauchspeicheldrüsenkrebs nachgewiesen wurden. Zur Charakterisierung des beobachteten Proteoms wurden mittels LC-MS/MS die Proteine ​​identifiziert, die den 1101 durch 2D-DIGE erkannten Proteinflecken entsprachen. Die Proteine ​​mit der höchsten Punktzahl für alle 1101 Proteinflecken entsprachen 459 einzigartigen Proteinen. 561 einzelne Proteinspots enthielten mehrere Proteine, und 213 einzigartige Proteine ​​wurden wiederholt als Proteine ​​mit der höchsten Punktzahl in mehreren Proteinspots erkannt. Diese Ergebnisse zeigen, dass 2D-DIGE ein breites Spektrum des Proteoms erfasst und das Potenzial hat, die mit der Karzinogenese und dem Fortschreiten von Bauchspeicheldrüsenkrebs verbundenen Proteine ​​zu erkennen. Die erhaltenen Proteinexpressions- und -identifikationsdaten wurden in unsere öffentliche Datenbank, die Genome Medicine Database of Japan Proteomics, aufgenommen.