Zeitschrift für Physikalische Chemie und Biophysik
Offener Zugang

Abstrakt

Der Einfluss viskoser und externer Kräfte auf die thermische Denaturierung des Peyrard-Bishop-Modells

Hidayat W, Sulaiman A, Viridi S und Zen FP

Die Auswirkungen von Viskosität und äußeren Kräften auf die thermische DNA-Denaturierung des Peyrard-Bishop-Modells werden untersucht. Die Berechnung der Zustandssumme zur Bestimmung der Dehnung von Wasserstoffbrücken wurde mit dem Pfadintegral-Monte-Carlo-Verfahren durchgeführt. Das Ergebnis zeigt, dass die Wechselwirkung zwischen dem Viskositätspotenzial und den äußeren Kräften verhindert, dass sich die DNA vollständig entfaltet, aber ermöglicht, dass sich die DNA in einer bestimmten Entfernung von ihrer ursprünglichen Position spaltet. Die Erhöhung des Viskositätskoeffizienten verringert die Schmelztemperatur. Das erhaltene Ergebnis zeigte auch, wie bei einer bestimmten Temperatur das äußere Potenzial einen dominanten Beitrag zur Denaturierung leistet, der sogar höher ist als der Viskositätseffekt.