Bodenbiochemie ist der Zweig der Bodenwissenschaft, der sich mit der Bildung und Zersetzung organischer Bodensubstanz, biochemischen Reaktionen von Kohlenstoff, Stickstoff, Schwefel, Phosphor, Metallen und Xenobiotika in Böden sowie der Biochemie der Pflanzenwurzel-Rhizosphäre befasst. Biochemische Bodenreaktionen betreffen hauptsächlich den organischen Anteil, obwohl er 55 % des gesamten Bodenvolumens ausmacht.